Fokarium, będąc częścią naukowo-edukacyjnej placówki akademickiej wspomaga odtworzenie i ochronę fok szarych w rejonie południowego Bałtyku. Ośrodek istnieje od 1999 r., choć działalność na rzecz badań i ochrony fok podjęto znacznie wcześniej. Inspiracją była udana próba wyleczenia, pierwszej dostarczonej na rehabilitację do helskiej placówki foki o imieniu Balbin.

Ranne zwierzę podjęto z plaży w Juracie 31 marca 1992 roku. Od tego dnia, rozwijając badania biologiczne, weterynaryjne i hodowlane nad fokami, helski ośrodek w sposób praktyczny wspomaga międzynarodową akcję odtwarzania i ochrony zasobów tych zwierząt na Bałtyku. Wyleczone tu foki, podobnie jak uzyskany z hodowli przychówek wypuszcza się na wolność. Są one obiektami prowadzonych obserwacji naukowych.

Wypuszczanie fok ma na celu także uzupełnienie strat, jakie ich bałtycka populacja ponosi wskutek nierozważnej działalności człowieka (zanieczyszczeń morza, rybołówstwa, zakłóceń).

Czyni się to także po to, aby foki szare żyjąc w obrębie całego morza, spełniały pozytywną rolę drapieżnika i były testerem czystości morskiego ekosystemu, w tym jakości ryb które konsumuje człowiek.

W fokarium bada się m.in. zachowanie fok, sposoby odżywiania i ich dietę, wiek, trasy wędrówek, zatrucie tkanek substancjami toksycznymi, a także stan zapasożycenie oraz ustala najważniejsze zagrożenia i przyczyny śmierci tych zwierząt.

Zapoznając się z historią życia fok, zwiedzający fokarium poznają problemy ochrony przyrody Bałtyku. Pracownicy placówki uczą i informują wszystkich, którym tego rodzaju wiedza jest potrzebna – od dzieci po polityków. Dla młodzieży szkolnej prowadzony jest specjalny projekt edukacyjny pn. „Błękitna Szkoła”

Upowszechnianie informacji dotyczących ochrony ekosystemu Morza Bałtyckiego, w tym szczególnie sytuacji morskich ssaków, jest ważnym elementem działalności helskiej placówki.

Najpełniejszą, profesjonalną wiedzę przyrodniczą zdobywają tu studenci kierunków przyrodniczych. Dla nich organizowane są wykłady, seminaria, praktyki, ćwiczenia terenowe i specjalistyczne kursy.